塩基配列の相同性にもとづく分子系統解析によってHCVのサブタイプまで分類する方法である。

　C型肝炎ウイルス（HCV）は、ヒトに慢性の肝障害を引き起こすフラビウイルス科のRNAウイルスである。主な感染経路は輸血をはじめとする血液とされるが、明らかな感染のきっかけが不明の症例も多い。HCVは、急性肝炎を起こす他、ウイルスが排除されない場合は慢性化し、10年以上の長い年月を経て肝硬変から肝細胞癌に進行する。

　HCVは、複製時の修復機能に欠けるため遺伝子変異が高頻度に認められる。これまでHCVの遺伝子型（ジェノタイプ）の分類方法は様々な案が提唱されていたが、2005年にSimmondsらによって提唱された遺伝子型（算用数字）とサブタイプ（小文字のアルファベット）を組み合わせる方法で統一されている。

　本検査は、分子系統解析によりHCVの6種類の遺伝子型（1a，1b，1c，2a，2b，2c，3a，3b，4，5a，6a）を分類することが可能である。サブタイプの分布には地域的な偏りがあることが明らかになっており、1a型は北アメリカやヨーロッパに多く、1b型はアジアに多くみられる。実際、本邦でも偏りが認められるものの全体として1b型が約70 %と最も多くみられ、次に2a型が多くみられる。

　遺伝子型により肝炎の病態が異なるだけでなく、インターフェロン治療に対する抵抗性が異なり、インターフェロンフリー直接型抗ウイルス薬（INFフリーDAA）でも遺伝子型によって薬剤の適応が異なる。一般的には群別検査が用いられているが、型判別が不能な場合も多く、本検査による確認も必要となる。また遺伝子型の詳細な解析により、疫学的背景である感染源や感染ルートが明らかになる。